新农合超过三天没有登记，建议直接咨询当地的医保部门及时进行补登。新农合原则上登记是在住院后24小时之内，星期六天可以顺延，特殊情况没有登记上的，应该及时去补登，理论上只要是没有办出院手续是可以的。
法律依据
《新型农村合作医疗跨省就医联网结报转诊流程与信息交换操作规范（试行）》
第九条，凡遇双休日、法定节假日等原因无法正常办理转诊备案手续的患者，可在出院结算前，通过电话、网络等方式向统筹地区经办机构申请补办转诊 。
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